روابط دو جانبه بین دو کشور در مهرماه 1353 برقرار گردید ولی به تاسیس نماینـدگی نیـانجامید . در اول فروردین ماه 1368 سفیر جمهوری اسلامی ایران در کنیا بعنوان سفیر اکردیته استوار نامه خود را تسلیم ژنرال موسوینی رئیس جمهوری اوگاندا نمود و از این تاریخ به بعد رفت و آمد. هیات های مختلف از سوی دو طرف آغاز گردید. در مرداد ماه سال 1376سفارت جمهوری اسلامی ایران در سطح کاردار و 2 سال بعد در سطح سفیر ارتقاء یافت. روسای محترم جمهور کشورمان آقایان علی اکبر هاشمی رفسنجانی ، سید محمد خاتمی و محمود احمدی نژاد در راس هیاتی بلند پایه در سالهای 1375 ، 1384 و 1389 به این کشور سفر کردند و در پاسخ ژنرال موسوینی سه بار به جمهوری اسلامی ایران سفر نمود. در سال 1388 رئیس محترم مجلس شورای اسلامی‌کشورمان جهت شرکت در اجلاس بین المللی کشورهای اسلامی و نیز وزیر محترم امور خارجه وقت کشورمان به طور جداگانه به اوگاندا سفر نمود. آقای موسوینی مجددا در شهریور ماه 1391 برای بار چهارم به دعوت طرف ایرانی خود در اجلاس عدم تعهد در تهران شرکت کرد. خانم ربکا کادگا رئیس مجلس کشور اوگاندا در راس هیاتی در سال 1392جهت شرکت در اجلاس بین المجالس که در کشورمان برگزار شده بود به تهران سفر نموده و با مقامات جمهوری اسلامی ایران دیدار و گفتگوکرد. ضمنا آقای ادوارد سکاندی، معاون رئیس جمهور اوگاندا نیز به عنوان مهمان افتخاری در این سفر همراه وی بود. لازم بـه ذکـر است، سفر روسای کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس اوگاندا در خرداد ماه 1393 با هدف شرکت در اجلاس دوستان سوریه در تهران و همراهی هیئت پارلمانی کشورمان جهت نظارت بر انتخابات ریاست جمهوری سوریه، سفر وزیر دادگستری اوگاندا در همان ماه بمنظور شرکت در اجلاس روز آفریقا و سفر وزیـر مشـاور در امـور منطقه ای در مرداد ماه 1393 جهت شرکت در سمینار وزرای امور خارجه کمیته فلسطین کشورهای عضو جنبش عدم تعهد در تهران از دیگر تبادلات هیات های سیاسی دو کشور می‌باشد.
سردار احمدی مقدم فرمانده نیروی انتظامی‌کشورمان و هیئت همراه نیز در مهر ماه سال 1393 به اوگاندا سفر نمود و ضمن ملاقات با مقامات این کشور از نزدیک با توانمندی‌های پلیس اوگاندا آشنا گردید.
وزیر امور خارجه کشورمان جناب آقای دکتر محمد جواد ظریف به همراه یک هیأت بزرگ اقتصادی در بهمن ماه سال 1393 به اوگاندا سفر و با رئیس جمهور و دیگر مقامات عالیرتبه این کشور دیدار و گفتگو نمودند. در این سفر یادداشت تفاهم همکاریهای دوجانبه مشورتی بین دو کشور ایران و اوگاندا از سوی وزرای خارجه دو کشور، به امضاء رسید.
همچنین در اوایل فروردین ماه 1394، آیت الله اعرافی رئیس محترم جامعه المصطفی العالمیه طی سفر چند روزه خود به اوگاندا، از مجموعه المصطفی دیدن کردند. ایشان همچنین با چند تن از مقامات عالی رتبه فرهنگی، علمی و مذهبی این کشور دیدار و گفتگو نمودند.